В целях реализации поручения Президента Российской Федерации от 13 февраля 2014 года №ПР-349 «О создании системы военной подготовки студентов образовательных организаций высшего образования», в рамках Пилотного проекта по подготовке солдат и сержантов на базе Сибирского федерального университета, в Саяно-Шушенском филиале СФУ с сентября 2014 года ведется обучение граждан по программе военной подготовки солдат и сержантов запаса. Программа предполагает теоретическое и практическое обучение. Теоретическая военная подготовка составляет около 450 часов, практика – месяц военно-полевых сборов.
Студенты старших курсов, изъявившие желание обучаться по вышеуказанной программе, годные к военной службе по состоянию здоровья по итогам прохождения медицинского осмотра и сдачи физической подготовки зачисляются в Военно-инженерный институт Сибирского федерального университета на военную кафедру. Теоретические и практические занятия проходят в г. Абакан или в г. Красноярск согласно установленному графику военной подготовки. Для успешного освоения программы военной подготовки солдат и сержантов запаса студенты Саяно-Шушенского филиала СФУ обеспечены соответствующей материально-технической базой, а именно установкой стрелкового тира, макетами автоматов и пистолетов, учебной литературой, спортзалами, тренажерами для совершенствования физической подготовки.
По окончании курса военной подготовки выпускники проходят аттестацию и получают звания лейтенанта, рядового или сержанта. Присвоение воинского звания совпадает по времени с выпуском студентов из филиала.